房地产企业土地增值税清算方法如下：

1. 审核收入是否按照实际价款确定收入额，注意核实收入的真实性，防止人为减少收入。

2. 审核扣除项目金额的合法性、真实性。这包括审核凭证和核算程序，核实扣除项目金额的真实性。

3. 审核土地增值额，利用增值额与扣除项目金额配比原则审核其真实性。核实土地增值额的计算是否有依据，防止人为扩大增值额，少缴土地增值税。

4. 审核税款计算是否准确，重点核实收入是否按照实际价格取得，防止少算隐瞒收入；核对企业按适用税率计算土地增值税税额是否准确，有无漏项、错计等情况。

5. 审核土地增值税纳税审核调整的主要内容。包括收入是否按转让房地产所取得的收入全额计算，扣除项目金额是否符合规定计算扣除，以及土地增值额是否符合实际税负公平合理原则确定等。

以上就是房地产企业土地增值税清算的主要步骤和要点，需要清算过程严格按照规定进行。同时，企业也需要根据实际情况，具体问题具体分析，灵活调整清算策略。

房地产企业土地增值税清算方法的相关信息如下：

1. 土地增值税清算表的使用：清算表应设置清算项目、收入、扣除金额、增值额、税率、速算扣除系数等栏目。房地产企业应将清算表和合同复印件一并提交给税务机关。

2. 土地增值税的清算条件：开发商需要满足“土地增值税清算”的条件。通常，开发商在房屋建成后的一段时间内，需要完成土地增值税的清算。具体时间节点需要视地区要求而定。在此期间，如果房屋已经出售一定数量，再申请清算的话，需要补交滞纳金等。

3. 土地增值税的计算方法：土地增值税采用四级超率累进税率，计算方法较复杂。清算时，需要将增值额与扣除金额相比照，计算土地增值税。

4. 开发商的配合工作：开发商需要积极配合税务机关的工作，提供完整的资料，并如实填写相关的清算表格和资料。同时，开发商需要如实核算土地成本、确认销售收入并结转相关税费等，确保数据的真实性和准确性。

需要注意的是，土地增值税的计算方法较为复杂，需要专业的税务知识和会计知识。因此，建议房地产企业在清算土地增值税时，寻求专业的税务咨询机构的帮助，以确保清算工作的顺利进行。

房地产企业土地增值税清算过程中常见的问题包括：

1. 收入确认不规范：部分房地产企业利用税收政策漏洞，通过“一房数售”、“化大为小”等方式，将已销售的房屋又重复认列收入。同时，部分企业还存在提前或推迟确认销售收入、与业主串通一气虚构交易等方式，导致少缴或不缴土地增值税。

2. 扣除项目不完整：土地增值税清算时，部分企业未能提供完整的预售许可证、施工许可证、商品房买卖合同、契税发票、销售不动产发票等相关证明材料，导致清算审核无法获取充分完整的成本费用凭证，无法准确计算扣除项目金额。

3. 税会差异处理不当：企业通常会面临税法与会计准则之间的差异问题，如取得土地的方式不同、销售方式不同、销售方式与融资方式的结合等，都会产生不同的税后收入。然而，许多企业在清算过程中未能正确处理这些差异，导致土地增值税计算不准确。

4. 优惠政策利用不准确：土地增值税政策法规相对复杂，企业在清算过程中如果对优惠政策理解不透彻、利用不准确，可能会导致无法享受优惠政策，或者因操作不当多缴土地增值税。

为了解决这些问题，税务机关通常会采取现场核查的方式，核实房地产企业的收入、成本、费用等项目是否真实、完整、合法，并与预售许可证明书、商品房买卖合同等相关证明材料进行比对。同时，也会对企业的会计核算和纳税申报进行评估，检查是否存在偷税行为。

在进行土地增值税清算时，房地产企业应该认真研究相关政策法规，规范收入确认和扣除项目，准确处理税会差异，充分利用优惠政策。同时，也应该加强内部管理，提高财务人员的专业素质，确保土地增值税计算的准确性和合规性。