土地增值税清算流程如下：

1. 办理结算手续：由纳税人向税务机关提交清算资料，办理结算手续。

2. 审核收入：税务机关对纳税人提出的结算申请进行审核，主要审核收入是否符合计税规定。

3. 审核成本费用：审核土地增值税清算表与会计报表相关项目，以证实申报表金额的真实性。

4. 计算清算收入：根据纳税人申报的收入和扣除项目金额，算出清算收入与扣除项目金额的差额，结合有关税法和文件规定的税率表，确定纳税人需要补缴或退还的土地增值税税额。

5. 绘制清算审核报告：审核完成后，会绘制土地增值税清算审核报告，报告会交由纳税人进行确认。

6. 转交房管部门：如果确认无误，会将清算审核报告转交房管等有关部门。

7. 执行缴税：纳税人执行缴税，并按规定加收滞纳金。

以上流程仅供参考，在操作过程中遇到问题，建议咨询当地税务部门。

土地增值税清算流程的相关信息如下：

1. 审核收入项目，确认收入总额。

2. 审核扣除项目，确定扣除项目总额。需要认真核实每一个扣除项目，保证其真实、准确；合理确定房地产开发费用、与转让房地产有关的税金、土地增值税加计扣除项目。

3. 准确计算土地增值税税额，并按规定的清算审核程序报送税务机关审核、报批。具体包括税金计算和土地增值税计算，同时缴纳土地增值税。

以上信息仅供参考，具体流程可能因实际情况而有所不同，建议咨询相关专业人士。

土地增值税清算流程常见问题包括：

1. 清算资料不齐全：清算资料必须齐全，否则无法顺利推进清算工作。

2. 收入未确定：清算说明中应明确告知收入是否已确定，否则可能会影响清算工作。

3. 扣除项目金额不实：这种情况可能会导致应纳税额计算错误。为避免问题，需要在清算说明中明确如何核实扣除项目金额的相关细节。

4. 税款计算错误：由于各种原因，税款计算可能会出错，因此需要在清算说明中详细说明如何更正错误。

5. 逾期清算：土地增值税清算需要按照规定的期限进行，超期则需要缴纳滞纳金。因此，需要在清算说明中明确清算时间。

6. 扣除项目资料不全或不符合要求：这可能会导致无法顺利计算税额。为避免此类问题，需要确保所有扣除项目的资料齐全且符合要求。

7. 房地产开发企业未结算的地下室、车位等收入和成本的处理问题：这部分收入和成本的处理较为复杂，需要在清算过程中特别注意。

为了解决这些问题，税务机关和纳税人可以加强沟通，确保清算工作的顺利进行。同时，纳税人也需要认真对待清算工作，按照规定的时间和程序提交所需的资料和信息。