减免增值税的会计分录一般如下：

当企业缴纳增值税时：

借：应交税费-应交增值税（已交税金）

贷：银行存款

当企业收到减免增值税政策时：

借：银行存款

贷：应交税费-应交增值税（减免税款）

其中，“应交税费-应交增值税（已交税金）”账户是用来核算企业按照税法规定计算应缴纳的各种税金，包括增值税、消费税、所得税等各种税金及附加。“应交税费-应交增值税（减免税款）”账户是用来核算企业因各种原因减免的增值税。

需要注意的是，如果减免增值税的金额较大，企业也可以通过“营业外收入”科目来核算。同时，企业应当根据税法规定，对减免的增值税进行合理合规性的控制，避免税务风险。

减免增值税的会计分录一般按照以下步骤进行：

1. 当期应缴增值税的计算：根据当期的销项税额减去进项税额，再加上进项税额转出，即为应缴纳的增值税。

2. 借方：应交税费——应交增值税（已交税金），借方：银行存款（或应付账款等），贷方：应交税费——未交增值税。

3. 结转未交增值税：借方：应交税费——未交增值税，贷方：银行存款。

需要注意的是，如果企业是按月缴纳增值税，则不需要做结转工作，次月收到退回的税款时再做处理。

以上信息仅供参考，具体信息可以咨询财会人士获取。

在会计分录中，减免增值税常见的问题包括：

1. 未在增值税纳税申报表中进行正确填报或误操作申报：这种情况下，需要联系税务部门，获取正确的处理方式，并进行相应的账务处理。

2. 误操作导致少缴税：如果是因为误操作等原因导致少缴税，需要联系税务部门并补缴税款，同时可能需要进行罚款和滞纳金的处理。

为了正确处理减免增值税的会计分录，企业应按照税法规定计算应纳税额，并正确记录增值税的减免和退还。同时，企业应定期向税务部门申报增值税，并保持账务记录与申报表的一致性。

以上信息仅供参考，如有需要，建议咨询专业财务顾问。