公司支付运费的会计分录需根据业务场景和费用归属进行科目核算，核心涉及销售费用、材料成本或代垫款项的处理，同时需关注增值税进项税额抵扣规则。

一、销售商品支付的运费

销售商品时发生的运费通常计入销售费用科目。若取得增值税专用发票且符合抵扣条件，可单独确认进项税额。例如，支付运费1000元（含税，税率9%）：

借：销售费用——运费917.43元

借：应交税费——应交增值税（进项税额）82.57元

贷：银行存款1000元

若销售的货物属于免税或简易计税项目，即使取得专用发票，运费对应的进项税额也不得抵扣，需全额计入销售费用。

二、采购货物支付的运费

外购材料或商品时支付的运费，若用于增值税应税项目且取得专用发票，可将运费计入材料采购成本并抵扣进项税。例如，采购原材料支付运费1000元（含税）：

借：原材料917.43元

借：应交税费——应交增值税（进项税额）82.57元

贷：银行存款1000元

若外购货物用于集体福利、免税项目等不可抵扣情形，运费对应的进项税需转出，计入相关成本。

三、代垫运费的处理

企业为购货方代垫运费时，需通过应收账款科目过渡，待收回款项时核销。例如：

代垫运费时：

借：应收账款1000元

贷：银行存款1000元

收回代垫款时：

借：银行存款1000元

贷：应收账款1000元

此场景下，运费不涉及企业自身成本或费用，仅作为代收代付项目核算。

（注：以上金额计算示例中，假设运费税率为9%，实际需根据发票税率调整。）