工程施工科目下的二级科目设置包括以下几点：

1. 人工费：指直接从事施工生产的工人开支的工资、奖金、津贴、工资性质的劳保福利、差旅交通费等。

2. 材料费：指施工过程中耗费的构成工程实体的原材料、辅助材料、构配件、零件、半成品的费用。

3. 机械使用费：指施工过程中使用自有施工机械所发生的费用。

4. 间接费：包括工程管理费和其他费用。其中，工程管理费的内容包括：公司经费、职工教育经费、业务招待费、工程排污费等；其他费用包括临时设施费、劳动保险费、工会经费等。

以上内容仅供参考，不同工程设置的二级科目可能略有不同。

工程施工科目下的二级科目设置注意事项包括：

1. 正确划分成本核算单位：根据施工生产规模和成本管理要求，正确划分成本核算单位，有利于成本责任的落实和成本指标的分解。

2. 合理归集与分配直接费用：对于可以直接计入工程成本的费用，应直接计入各成本核算对象。对于不能直接计入成本核算对象的各项间接费用，应采用适当的方法在各成本核算对象之间进行分配或分摊。

3. 及时调整费用预算：在工程施工过程中，应按照费用预算及时调整各项间接费用，确保间接费用的真实性、合理性和完整性。

4. 准确划分资本化间接费用与当期损益的界限：为确保费用分摊的合理性，应准确划分应计入当期损益的各项费用与形成工程实体相关的费用，合理确定资本化间接费用与当期损益的界限。

5. 及时处理工程结算：在工程施工过程中，应及时处理已完成的工程结算，确保收入与成本的匹配。

6. 正确划分各参建方之间的成本费用界限：在工程施工过程中，应合理划分业主方、施工方和其他参建方之间的成本费用界限，确保成本核算的准确性和完整性。

7. 严格执行企业会计准则和相关会计制度：在设置二级科目时，应严格执行企业会计准则和相关会计制度，确保会计处理的规范性和合规性。

综上所述，工程施工科目下的二级科目设置需要注意正确划分成本核算单位、合理归集与分配直接费用、及时调整费用预算、准确划分资本化间接费用与当期损益的界限、及时处理工程结算、正确划分各参建方之间的成本费用界限、严格执行企业会计准则和相关会计制度等方面的问题。

工程施工科目下的二级科目设置主要包括以下几个方面：

1. 合同成本：用于核算工程施工合同成本，并按合同进行明细核算。

2. 成本项目：包括人工费、材料费、机械使用费、其他直接费和间接费用。这些成本项目需要分别进行核算，以反映与合同直接相关的各项费用支出。

3. 暂估价：用于反映施工企业根据工程量清单暂估材料设备单价纳入成本的价差。

4. 索赔费用：包括业主索赔和施工索赔，反映的是施工过程中发生的与合同有关的费用，如现场签证、设计变更等。

5. 税金：用于核算工程施工企业根据国家税法规定应计入工程成本的税金，包括营业税、城市维护建设税和教育费附加。

6. 合同毛利：反映与合同直接相关的毛利，根据预计总收入减去预计总成本计算得出。

7. 结算产值：反映的是已结算收入，可以用来调整与业主的工程进度款。

8. 实际合同成本：反映的是实际发生的合同成本，可以用来监控合同的执行情况。

9. 完工百分比：用于计量工程收入的实现，以此确定工程进度款的支付情况。

通过以上二级科目的设置，施工企业可以有效地核算和监控工程施工合同的各项成本和收入，从而实现对工程施工业务的全面管理。