工程施工的二级科目包括人工费、材料费、机械使用费、其他直接费、间接费用、工程结算费用等。其中，间接费用一般包括管理人员的工资、职工福利费、办公费、差旅费、固定资产折旧费及修理费、物料消耗、低值易耗品摊销费、财产保险费、工程保修费、水电费、取暖费、其他费用等。具体分类可能因工程而异。

工程施工的二级科目在设置和使用中，需要注意以下几点：

1. 正确划分成本核算单位，选择适合的工程项目作为成本核算对象，并根据工程项目的规模、特点和管理需要，科学地划分核算单元。这有助于准确核算各工程项目的成本，提高成本管理的效率。

2. 准确归集工程成本费用，并区分可控费用和不可控费用。可控费用包括管理人员工资、奖金、差旅费、办公费等，这些可以直接计入工程成本；不可控费用包括折旧费、修理费等，需要根据实际情况摊入成本。

3. 合理划分成本项目，按照工程成本核算对象和内容，合理设置成本项目，并确保成本资料的完整性。这有助于准确反映各项成本的发生情况和工程项目的经济效益。

4. 规范合同管理，确保各项合同条款的合规性和完整性，并严格按照合同约定进行成本费用的归集和分配。

5. 做好工程物资的管理，包括工程物资的采购、验收、领用和盘点等环节，确保工程物资的安全和有效利用。

6. 规范人工费用的管理，包括人工费用的核算、支付和监督等环节，确保人工费用的合理分配和成本控制。

7. 定期进行成本分析和考核，及时发现和纠正成本管理中存在的问题，提高工程项目的经济效益。

综上所述，工程施工的二级科目设置和使用需要注意以上几点，以确保成本核算的准确性和完整性，提高工程项目的经济效益。

工程施工的二级科目主要有劳务分包、材料费、机械费、其他直接费、间接费用、税金和业主增减项。其中，劳务分包费用包括劳务公司结算的所有相关工程款项；材料费包括工程所有材料款项；机械费主要是自有机械使用费；其他直接费包括一些现场的临工发生的相关费用；间接费用包括管理人员工资、办公费、差旅交通费等。

以上内容仅供参考，具体内容可能会因为各种因素而有所变化。在处理工程款项时，应咨询相关专业人士。