股权变更印花税的计算方法为：按双方订立的书面合同金额的万分之二点五，按照应纳税额从纳税人账户来征收。

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股权变更印花税的计算方法为：按万分之二点五的税率计算应纳税额，纳税额计算公式是应纳税额=应纳税凭证记载的金额×适用税率或应纳税额=应纳税凭证的件数×适用税额标准。

印花税只对税目税率表中规定的凭证征收，没有列名的凭证不征税。股权转让合同属于税目税率表中列明的凭证，需要缴纳印花税。

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股权变更印花税的计算常见问题如下：

1. 是否所有股权变更都需要缴纳印花税：只有单位、个人和非法人单位改变工商登记的股权进行变动时才需要缴纳变更部分的印花税。

2. 股权转让合同是否需要贴花：股权转让双方需要按照规定缴纳印花税，双方签订的股权转让合同也需要贴花，受让方也需要缴纳印花税。

3. 股权变更税率是多少：股权变更的税率是按照双方当事人签订股权转让协议书征收印花税，税率为万分之五。

4. 股权变更税率是否可以优惠：股权变更的税收优惠已经取消，需要按照规定正常纳税。

5. 股权变更印花税是否包含在增值税里面：股权变更的印花税是双方当事人需要缴纳的税费之一，不包含在增值税里面。

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