代垫运费会计分录可以参考以下两种情况：

收到承运商的发票，运费是代垫的，会计分录为：借：原材料等（或库存商品）等，贷：应付账款等，同时结转运费成本，借：主营业务成本等，贷：应付账款等。

如果是销售方承担运费并代垫，向购买方开具发票时，会计分录为：借：销售费用-运费，贷：银行存款。

具体的情况还需要根据公司的具体业务类型和实际交易内容来确定。

代垫运费相关的会计分录可以参考以下信息：

销售方代垫运费时：

借：应收账款

贷：银行存款

贷：应付账款——运费（属于购买方）

采购方代垫运费时：

借：原材料

应交税费——应交增值税（进项税额）

贷：银行存款

以上是代垫运费会计分录的主要信息，具体操作时还需要根据实际情况进行判断和调整。

代垫运费会计分录常见问题主要包括以下几个方面：

1. 运费金额较小，可以直接计入采购成本，无需通过“应付账款”科目。

2. 运费金额较大，发票未到，不能确定该笔运费是否应由甲公司承担时，不应确认负债，待运费发票收到再进行处理。

3. 垫付运费时，直接按运输费用金额确认应付账款。

4. 付款时，将应付账款的余额冲平，而不仅仅是冲销部分金额。

为了正确处理代垫运费会计分录，需要注意以下几点：

1. 确认代垫运费是否符合会计准则的相关规定，避免出现错误或舞弊行为。

2. 正确区分应付账款的性质和金额，确保会计处理的准确性和完整性。

3. 及时取得和审核相关单据，确保运费金额和归属公司的准确无误。

4. 定期核对应付账款余额，确保账实相符。

请注意，具体的处理方式可能因公司规模、行业规定、税务要求等因素而有所不同。如果有疑问，建议咨询会计师或财务部门以获取更准确的信息。