一个是将来时，一个是一现在进行时。

《入团申请书》是要求加入团组织的青年向共青团组织递交的表达自己志愿加入团组织的一种文书。
《入团志愿书》是为向团组织反映自己的真实情况，表达自己的愿望和决心而填写的一种文书。入团志愿书是申请入团的人在团组织经过一定时期的考察，初步认为可以接收而需要进一步研究审核时同意填写的一种表格形式。
总的来说，《入团申请书》是第一次申请所写的，《入团志愿书》是团组织同意后再一次写的。