工程施工的二级科目包括人工费、材料费、机械使用费、其他直接费、间接费用、工程结算费用等。其中，间接费用指的是企业所属施工、生产单位，为了组织和管理施工生产所发生的费用。

工程施工的二级科目可以根据实际需求设置，例如合同成本、间接费用等。同时，为规范成本核算，公司还可以根据自身特点设置相应的明细科目。

注意事项包括：

1. 准确划分各项间接费用，正确确定与分配间接费用；

2. 合理预计已完工的已结算的合同成本；

3. 及时了解并掌握工程进度及已完工程形象进度，及时取得和验证收入成本相关资料；

4. 正确确定各项收入成本的入账时间，遵循收入和成本配比原则；

5. 注意税法对税前扣除的限定。

以上仅是部分注意事项，建议咨询专业人士，获取更具针对性的指导。

工程施工的二级科目主要有劳务分包费用、材料费、机械使用费、其他直接费、间接费用等。

劳务分包费用包括为实施合同所发生的承包商人工单位的各项费用。材料费是与施工材料相关的费用，包括自购材料和甲供材料。机械使用费主要是指施工过程中所使用的施工机械的燃油消耗、维修保养费、折旧费等各项费用。其他直接费包括施工过程中发生的如临时设施、检验试验等费用。间接费用则是为组织和管理施工过程所发生的全部支出，包括管理人员的工资、办公费、差旅交通费等。

以上内容仅供参考，具体细节建议咨询专业人士。